雖然職能式結構具有一些優(yōu)點，但是其缺點也是很明顯的： 
　　(1)項目管理沒有正式的權威性。由于項目團隊成員分散于各職能部門，團隊成員受其所在職能部門與項目團隊的雙重領導，而相對于職能部門來說，項目團隊的約束顯得更為無力。
　　(2)項目團隊中的成員不易產(chǎn)生事業(yè)感與成就感。團隊中的成員普遍會將項目的工作視為額外工作，對項目的工作不容易激發(fā)更多的熱情。這對項目的質(zhì)量與進度都會產(chǎn)生較大的影響。    
　　(3)對于參與多個項目的職能部門，特別是具體到個人來說，不容易安排好在各項目之間投入力量的比例。
　　(4)不利于不同職能部門的團隊成員之間交流。
　　(5)項目的發(fā)展空間容易受到限制。