(1)容易出現(xiàn)配置重復、資源浪費的問題。如果一個公司多個項目都按項目式進行管理組織，在資源的安排上很可能出現(xiàn)項目內部利用率不高，而項目之間則是重復與浪費。 
　　(2)項目組織成為一個相對封閉的組織，公司的管理與決策在項目管理組織中貫徹可能遇到阻礙。
　　(3)項目團隊與公司之間的溝通基本上依靠項目經理，容易出現(xiàn)溝通不夠和交流不充分的問題。
　　(4)項目團隊成員在項目后期沒有歸屬感。團隊成員不得不為項目結束后的工作考慮投入相當的精力，影響項目的后期工作。
　　(5)由于項目管理組織的獨立性，使項目組織產生小團體觀念，在人力資源與物資資源上出現(xiàn)“囤積”的思想，造成資源浪費；同時，各職能部門考慮其獨立性，對其資源的支持會有所保留，影響項目的最好完成。