中國農業(yè)科學院的學科專業(yè)涉及理學、工學、農學、管理學4大門類，涵蓋了15個一級學科，其中博士學位一級學科授權點7個、二級學科博士學位授權點44個；碩士學位一級學科授權點8個，二級學科授權點58個，其中包含2個專業(yè)學位授權資格；此外還有8個博士后流動站。
　　作為農業(yè)科研單位，學院的優(yōu)勢學科主要集中在農學門類各學科專業(yè)以及其他門類中的涉農學科，如農學門類中的作物遺傳育種、作物栽培、蔬菜學、茶學、土壤學、植物營養(yǎng)學、植物病理學、農業(yè)昆蟲與害蟲防治、動物遺傳育種與繁殖、動物營養(yǎng)與飼料科學、預防獸醫(yī)學等，以及理學門類中的生物化學與分子生物學、工學門類中的食品科學等專業(yè)都是我們的優(yōu)勢學科。這些學科大多依托于國家或部級重點實驗室，研究實力較強、導師水平較高、獲獎成果也較多。近幾年這些專業(yè)的報考人數(shù)一直比較多，屬于學院比較熱門的專業(yè)。
　　此外，學院院根據(jù)農業(yè)科技發(fā)展實際和學科建設需要，自主設置了一批特色學科，如：農產(chǎn)品質量與食物安全、作物信息科學、觀賞園藝、農業(yè)區(qū)域發(fā)展、農業(yè)遙感、生物安全、動物信息科學、中獸醫(yī)學等專業(yè)，這些專業(yè)都是比較具有學院特色的學科專業(yè)。